......Las ideas nacionalistas expresadas en el sermón lo llevaron al destierro, fue procesado y condenado a diez años de reclusión. En España, recluido, se le impidió predicar, enseñar y confesar, además se le quitó el grado de doctor otorgado cinco años atrás. Se volvió un experto planeador de fugas, escapó de las Caldas, donde había sido recluido. Reaprehendido se le trasladó a San Pablo de Burgos y, posteriormente, al Convento de San Francisco.

......En 1801, después de muchos intentos, evadió a la vigilancia y llegó a Francia. Estuvo en Bayona y en París donde conoció a Simón Rodríguez, maestro de Simón Bolívar; tradujo La Atala, de Chateaubriand, y estuvo a cargo de la parroquia de Santo Tomás. En 1802 llegó a Roma donde el Sumo Pontífice atendió a su petición y lo secularizó; es decir, lo liberó de estar bajo las normas de la orden dominica.

......En 1804 regresó a España, fue capturado en Madrid y apresado en los Toribios, de Sevilla. Escapó y fue reaprehendido en Cádiz. Logró escapar nuevamente y se refugió por tres años en Portugal. Durante la Batalla de Trafalgar volvió a España y figuró como capellán del Batallón de Voluntarios de Valencia.

......Tras ser avisado del llamado de Hidalgo a tomar las armas por la lucha de Independencia en México, se trasladó a Londres, donde fue, principalmente a través de su obra, difusor y promotor de la Independencia de México. Fue en ese periodo cuando escribió Historia de la Revolución de la Nueva España, editada en la imprenta de Glindon, en Londres en 1813.