La
campaña internacional de organizaciones de derechos humanos
a favor de Timor Oriental fue intensa, y en 1996 Amnistía
Internacional pidió que se permitiera la entrada de observadores
al país. Ese mismo año recibieron el premio Nobel
de la Paz los activistas exiliados José Ramos Horta y el
obispo católico Carlos Filipe Ximenes Belo. Gracias a la
presión internacional, en 1998 Indonesia propuso una autonomía
limitada para Timor Oriental. Portugal entró en pláticas
con Indonesia y llegaron al acuerdo de convocar una "consulta
popular", para saber si los timorenses aceptaban una autonomía
relativa de la República de Indonesia. El día de la
votación, 30 de agosto de 1999, el 98% del padrón
electoral registrado acudió a las urnas a emitir su voto.
La enorme mayoría de los votantes rechazaron el plan de autonomía
de los indonesios y pidieron su independencia.
Después
de las elecciones comenzó una ola de violencia en todo el
territorio. Murieron muchos timorenses y otros más buscaron
refugio en Australia. La ONU asumió decididamente la solución
del conflicto y consiguió que fuerzas multinacionales entraran
en la isla para controlar la situación y reinstaurar la paz
y la seguridad. Al mismo tiempo, organizaciones humanitarias llevaron
a la isla servicios básicos y alimento. Las
autoridades indonesias comenzaron a salir de Timor Oriental hasta
abandonarla completamente. El 28 de septiembre de 1999 Indonesia
y Portugal acordaron transferir la autoridad de Timor Oriental a
la Organización de las Naciones Unidas, con la idea de administrar
la transición a la independencia, por lo que se creó
la Administración de Transición de las Naciones Unidas
(UNTAET). Sin embargo, la UNTAET se enfrentó a muchas dificultades.
En
distintas partes de la isla continuaba la actividad de guerrilleros
armados por los indonesios, la economía estaba en bancarrota
y había que dar alojamiento y comida a más de 150
mil refugiados que regresaron a su país.
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