Resistencia contra Indonesia
En 1988 un acuerdo entre el Fretilin y el UDT culminó en la creación de una organización común: la Convergencia Nacionalista. Xanana Gusmao fue reconocido como comandante en jefe del ejército de liberación. Portugal, por su parte, logró que el Parlamento Europeo apoyara la autodeterminación del pueblo maubere, rechazando la ocupación indonesia. En 1989 hubo una activa movilización popular en la isla, especialmente de estudiantes, que se tradujo en violentos motines contra los indonesios. En octubre de ese año la ONU aprobó la condena a la ocupación de Timor Oriental. Los indonesios prohibieron la entrada de corresponsales extranjeros, expulsaron a las representaciones diplomáticas y cortaron las comunicaciones con el exterior. Dili quedó aislada del mundo. Xanana Gusmao La represión de los indonesios aumentó hasta llegar a excesos intolerables. Las familias fueron obligadas a colocar en las puertas de sus hogares una lista con los nombres de los habitantes. Dicha lista podía ser verificada por la fuerza de ocupación a cualquier hora del día. Miles de mujeres mauberes fueron esterilizadas. En las escuelas se prohibió el uso del tautem, el idioma nacional. Además, se descubrieron en distintos puntos del país fosas comunes con cadáveres que evidenciaban ejecuciones masivas. En 1992 fue encarcelado el líder independentista Xanana Gusmao y condenado a cadena perpetua.
Dirigentes de la oposición acusaron a Estados Unidos, Australia, los Países Bajos, Japón y otros países, de minimizar el genocidio y apoyar a Indonesia para proteger sus intereses comerciales, especialmente en relación a la explotación de reservas de petróleo y gas natural en aguas territoriales de Timor Oriental. Las compañías petroleras que tienen ingerencia en esa región son: Royal Dutch Shell, Nippon Oil, Chevron (estadounidense) y otras de origen australiano (Phillips Petroleum, Marathon y Enterprise Oil Company).
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