“Todos somos hermanos de la misma Madre Tierra,
lo único que necesitamos es reconocer nuestras
similitudes en las diferencias con los demás.”

Anónimo

La historia de Malinalco continúa en el tiempo; en un principio se estableció con el fin de ser uno de los centros ceremoniales aztecas en honor al Sol, así como un sitio de formación militar que muy pronto se volvió fundamental para la preparación de la elite bélica: los guerreros águila y tigre, representantes divinos, y, por tanto, encargados de salvaguardar al pueblo protegido por Huitzilopochtli. Los aztecas eran conquistadores y ocuparon gran parte del territorio; por ello la guerra era una actividad que les permitía no sólo mantener en orden sus dominios, sino ampliarlos.

Tras suceder la caída de Tenochtitlan (la ciudad-Estado azteca más poderosa de su tiempo) el 13 de agosto de 1521 , los conquistadores al mando de Hernán Cortés recibieron noticias de que los pueblos de Malinalco, Matlatzinco y Tula se habían unido para atacarlos por la retaguardia; entonces Hernán Cortés se adelantó a la estrategia militar y envió a Andrés de Tapia, quien los tomó por sorpresa y los sometió hasta lograr su rendición. Consumada la conquista en los diferentes frentes y apaciguados los pobladores, Malinalco fue encomendado a Cristóbal Rodríguez para iniciar otro de los propósitos de la corona española: la conquista espiritual. 

La conquista espiritual se daba a partir de la evangelización, que consistía básicamente en adoctrinar a los indígenas hasta convencerlos de olvidar sus ritos “paganos” y adoptar la idea de la existencia de un sólo Dios todopoderoso. La tarea resultó complicada para los evangelizadores, ya que para los indígenas sus dioses y sus historias explicaban el universo, el mundo, el origen y la razón de existir de cada individuo, mientras que el nuevo dios al que les exigían adorar les parecía ajeno: un ser con el que no encontraban similitudes ni coincidencias. Los indígenas entonces se sometían a la voluntad de los conquistadores, pero conservaban sus creencias y la realización de sus ceremonias y ritos en la clandestinidad.