La estructura semimonolítica del que hasta hoy se conoce como edificio cuatro, resguarda dos bases alargadas en forma de sarcófago que sirvieron como soporte para los postes de madera que siglos atrás sostenían el techo. Cada 260 días, en el interior se realizaba la gran celebración en honor al Sol: en ese día era costumbre sacrificar, ciclo con ciclo, a un miembro del cuerpo militar y de defensa de los aztecas, a uno de la elite de los guerreros. Ser elegido, muy al contrario de tomarse como una tragedia, representaba un gran honor: sólo un hombre fuerte, valiente y lleno de virtudes podía ser entregado en aquel día al astro protector. Así no había cabida para la tristeza: la muerte llegaba coronada por el reconocimiento en medio de una gran fiesta. 

Del edificio cinco se conserva muy poco, mientras que el edificio seis pretendía ser una estructura monolítica que -de acuerdo con los investigadores- estaba en construcción cuando los españoles llegaron a Tenochtitlán y la devastaron. En las primeras exploraciones que se hicieron en el sitio, los arqueólogos encontraron cinceles de granito, basalto y andesita, instrumentos de trabajo que en el México prehispánico utilizaban los tetlepanque.

Malinalco fue un centro estratégico, principalmente ceremonial y militar, que también cumplió con fines comerciales. La ubicación garantizó a los aztecas el control de las comunicaciones en la zona que comprendía el valle de Toluca, Morelos y la parte norte de Guerrero.  Al estar ubicados en Tenochtitlán, los españoles recibieron noticias de que los pueblos de Malinalco, Matlatzinco y Tula se habían aliado para emprender un ataque por la retaguardia y recuperar su ciudad. Sin perder tiempo, Hernán Cortés se adelantó al ataque y envió a Andrés de Tapia para someterlos: tras una encarnizada lucha el conquistador logró la rendición. Entonces Malinalco fue entregado a Cristóbal Rodríguez para iniciar la conquista espiritual de los indígenas: la evangelización.