En 1571 el obispo Bernardo de Alburquerque inició las gestiones para fundar en el centro de la ciudad de Oaxaca, Oaxaca, el primer convento dominico, pues hasta entonces no existía ninguna congregación femenina de la orden predicadora. Un año más tarde, el Vaticano autorizó la fundación del convento: Bernardo de Alburquerque viajó a la capital de la Nueva España con el firme propósito de encontrar a las religiosas que lo iniciarían. Logró convencer a cuatro clarisas —monjas franciscanas— quienes además de viajar con él aceptaron cambiar de orden a carmelitas. Las religiosas se arrepintieron poco antes de la ceremonia y regresaron a su convento en la capital.

Bernardo de Alburquerque no se dio por vencido, y en ese mismo año estableció comunicación con una congregación de carmelitas en España; un grupo de ellas respondieron a su solicitud y de inmediato se trasladaron a México. Así se fundó el primer convento dominico en Oaxaca y el segundo en todo el territorio conquistado. Las monjas fundadoras habitaron por un largo periodo en la casa del obispo pues las obras para construir el convento de Santa Catalina de Siena aún no habían comenzado. La casa del obispo, además de servir como hogar, fue la sede desde donde realizaron sus primeros trabajos comunitarios.

El obispo encargó el diseño y la ejecución del proyecto al fraile Hernando de Cavarcos, reconocido en la región por sus trabajos arquitectónicos. La obra inició en 1576. El conjunto fue diseñado al modo de los conventos de la época: patios centrales rodeados de habitaciones para diferentes fines, una huerta, sección de lavaderos, capilla y claustro. Como la mayoría de los edificios que datan de la Colonia, fue realizado en diversas etapas. Su construcción concluyó en el siglo XVII, aunque en el XVIII se le hicieron algunas modificaciones que respetaron el proyecto original.

La vida de los conventos durante la Colonia estaba estrechamente ligada a la sociedad novohispana. En el templo se efectuaban diversas ceremonias litúrgicas y sacramentales —oficiadas por sacerdotes—; por su parte, la zona de lavaderos estaba abierta al público y las mujeres de la comunidad —principalmente indígenas— acudían con regularidad para hacer uso de las instalaciones.

El conjunto se divide en cuatro áreas y cada una cuenta con un edificio de dos niveles: la mayoría de las habitaciones tienen vista a las calles del centro histórico y, sin importar su función, se organizaron en crujías que fueron distribuidas en torno a cinco patios que, entonces y ahora, son ornamentados con más de ochenta variedades de flores y plantas.

La circulación y el acceso a los espacios es posible a través de largos corredores con arcadas, en cuyos muros destacan los frescos realizados por artesanos indígenas y donde se narran episodios relacionados con el nacimiento, la muerte y la resurrección de Cristo y otros momentos importantes para el culto católico y la orden predicadora. Además, se conservan doce óleos representativos del arte en el virreinato.